Celkový pohled do vykopávek románské baziliky Cestou ke královské kryptě můžete rozeznat stavební zbytky baziliky, resp. část východní krypty. Současně je možné vidět dva rozdílné způsoby zdění – pravidelné románské kvádříkové opukové zdivo a mohutné kvádry bohatě zalité maltou základů Parléřovy stavby. Jedinou částí, která svou polohou dodnes zčásti kopíruje půdorys staré baziliky, je kaple sv. Václava, která vznikla na místě jižní apsidy baziliky. Její stavba respektuje místo pohřbu svatého knížete. Sv. Jan Nepomucký byl až do násilné smrti v roce 1393 generálním vikářem pražského arcibiskupství. Podle legendy byl zpovědníkem první manželky Václava IV. královny Johany Bavorské a odmítnul jejímu žárlivému manželovi prozradit zpovědní tajemství. Proto byl mučen a následně shozen z Karlova mostu do Vltavy. Historikové ale tento příběh vyvrací. Jan Nepomucký se totiž také připletl do právě probíhajících mocenských bojů mezi králem Václavem IV. a pražským arcibiskupem. Svatořečení se Jan Nepomucký dočkal v roce 1729. Za jeden z prokázaných zázraků je považováno objevení zachovalého jazyka v Janově lebce. Dnes ale díky antropologickým výzkumům víme, že se ve skutečnosti jednalo o zbytek mozkové tkáně. Jan Nepomucký je zobrazován jako kanovník a jeho svatozář je doplněna pěti hvězdami, které po jeho mučednické smrti nad Vltavou označily místo, kde lidé objevili světcovo tělo. Je často zobrazován se třemi základními atributy: křížem v rukou, palmovou ratolestí a knihou. Na osobní sílu, díky které udržel zpovědní tajemství, poukazuje prst na ústech – věčné mlčení. Pohled na jazyk sv. Jana Nepomuckého připomíná, že navzdory mučení nevyzradil zpovědní tajemství. Do 60. let 20. století se věřilo, že relikviář sv. Jana Nepomuckého skutečně ochraňuje ostatky světcova jazyka. Jak ale ukázal vědecký výzkum, ve skutečnosti jde o zbytky mozkové tkáně. Relikviář s ostatky je dnes uložen v nové chrámové klenotnici v novogotické části katedrály (na severní straně).